Pärast Põhjasõda allutati Aegna talupojad kiriklikult Pühavaimu kogudusele. Kuna Tallinnas asuv kirik oli liiga kaugel, siis Viimsi mõisa talupojad sh. ka Aegna rahvas pidas jumalateenistust Rohuneemel asuvas kabelis. Arvatakse, et see kabel oli rajatud juba 14. sajandil.
Ka Aegnal on olnud kabelid. Vanimad andmed Aegna kabelist pärinevad 1755. aastast. 1798. aastal rajatud Elisa kabeli asukoht on isegi teada. Kohalikud elanikud nimetasid seda hiljem vanaks kabeliks. See pidas vastu vähem kui 100 aastat ning 12. juulil 1882. aastal õnnistati sisse kalmistu kõrval uus puidust kabel (pildil).
Aegna külaelanike arv oli alates 1816. aastast kogu aeg kahanenud. 1816. aasta hingeloenduse järgi elas Aegnal 45 inimest, 1834. aastal 31 ja 1850. aastal vaid 26 elanikku.
Alates viiekümnendatest hakkas elanike arv madalseisust uuesti kasvama. 1856. aasta andmeil elas saare 4 talus 45 inimest ning 1860. aastatest suurenes Aegna elanikkond veelgi. Saarel oli siis juba 6 talu: Sihi, Uuetoa, Numme (Nõmme), Kalavälja, Pendikse ja Jüri talu. Palju rahvast tuli juurde abiellumise kaudu aga ka loomuliku iibe tulemusel.
19. sajandi keskpaiku räägitakse Aegna saarest kui metsaga kaetud saarest. 1875. aasta Viimsi mõisa plaani järgi oli Aegna kaetud valdavalt kuuse- ja männimetsaga. 1888. aastal seati Viimsi mõisniku algatusel kokku esimene Aegna metsndiku plaan. See jäi kuni 1920. aastateni ka viimaseks metsakorralduseks.
Aegna saart ümbritsevad liiva- ja kivimadalikud, mis on oluliselt takistanud laevaliiklust. Pole kahtlust, et mereohutuse huvides paigaldati saare ümbrusse juba iidsetest aegadest meremärke. Esimene konkreetsem vihje meremärkidest pärineb 22. juulist 1718. aastast. Aegna loodeküljest suundub merre umbes miilipikkune kivimadalik. Madaliku rifi otsal asuvat väikest pealvett kivikari nimetatakse kirjanduses Aegna madalikuks, kus asub Aegna tulepaak. Võib arvata, et see mereliiklusele ohtlik madalik oli juba varasematel aegadel tähistatud. Vanimad andmed sellest 40 jala kõrgusest meremärgist pärinevad Spafarjevi 1821. aasta merekaardilt. 1878. aastast on teada, et sinna paigaldati tulepaak, mis oli esialgu tuleta. 1896. aastal asendati puidust meremärk raudsõrestikuga ning 1910. aastal pandi meremärgile tuli. Kahtlemata olid varasematel aegadel meresihtmärgid ka Aegna kirdeäärest välja ulatuval Lemmiku neemel. Jaan Vali andmetel olid need Lemmiku neemel olema juba 1830. aastal. 1855. aastal uuendati sealseid sihtmärke. 1891. aastal ehitati Lemmiku neeme läänerannikule rauast neljatahulised 12 ja 14 meetrised püramiidid, tipus oli alumisel 2 (pildil) ja ülemisel 3 kera.
19. sajandi viimasel veerandil paranes mõnevõrra kalameeste majanduslik olukord. Siis oli mitmeid põhjuseid. Esiteks oli suureks tehniliseks uuenduseks kilupüügiks mõeldud võrkude kasutuselevõtmine. Tallinnas kasutati taolisi võrke juba 1870. aastal ning veenduti nende otstarbekuses õige pea. 1889. aastal rajati Kalaranda J.Leesmanni Tallinna esimene võrgutööstus.
Teiseks suurendati märgatavalt kalakonservide valmistamist laiemale turule. See tähendas, et nõudlus kalade järgi järsult suurenes ning ka kaugemate piirkondade kalurid said teenistust. Kolmandaks mõjutas nõudlust Tallinna elanikkonna kiire kasv. Tallinna kalaturu osakaal ning käive suurenesid. Aegna kalurid olid eelistatud olukorras kalaturu läheduse tõttu. Need muutused peegeldusid ka varasemast hoopis intensiivsemas ehitustegevuses.