1900. aastal oli Aegnal seitse talu. 20. sajandi algul jätkus vanemate taluhoonete lammutamine ning nende asemele uute ehitamine. Näiteks 1900. aastal valmis 6 eluruumiga, hilisemast ajast tuntud nn. Roheline maja. 1902. aastal ehitati Uuetoa talu 4 eluruumiga, millele tehti hiljem juurdeehitus. 1904. aastal valmis Kalavälja talu 3 eluruumiga. Kõikidel nendel elumajadel oli palkseinad ja pappkatused. Saare elanike põhitegevuseks oli kala- ja hülgepüük. Igal talul oli ka pisike põllulapp.
1905. aastal süvendati Kräsuli ja Aegna vahelist väina. Läbi 0,7 km pikkuse , 40 meetri laiuse ja 3 meetri sügavuse väina kulges liiklus Tallinna lahest itta ja vastupidi.
Venemaa lüüasaamine Vene-Jaapani sõjas 1905. aastal ning Balti laevastiku formeeritud Vene 2. Vaikse ookeani eskaadri täielik hävimine Tsushima merelahingus, sundis Vene võime rakendama täiendavaid abinõusid Peterburi kaitse tugevdamiseks. Tallinnast ja Porkalast Sõrve poolsaareni ulatuva merekindluse keskseks sõlmeks said rannapatareid Tallinna-Porkala joonel. See osa kaitseehitistest kandis Peeter Suure Merekindluse nime, mille koosseisu kuulus ka Aegna saar. Aegnale rajati 12-tolliste kahurite patarei, mis kandis Aleksander Nevski nime (alumisel pildil).
Patarei ehitamisega alustati 1914. aastal. Võimsa betoonehitise pikkuseks oli 200 meetrit, mille kummaski otsas oli kaks 9 meetri kõrgust betoonehitist, millel pöörlesid suurtel kuullaagritel soomustorn kahele kahurile algse laskekaugusega 28 km. Sellal oli saarel juba kitsarööpmeline raudtee, mida kasutati ehitusmaterjalide veoks. Siinjuures olgu öeldud, et ainuüksi Tallinn-Porkkala kaitseliini väljaehitamiseks oli 1913. aastal kulutatud 8,5 miljonit kuldrubla ja igal järgneval aastal ligi 20 miljonit kuldrubla.
12-tollises patareis paikneval kahel eraldi maa-alusel korrusel olid ruumid meeskonnale ja laengule. Betoonosade vahele jäi kolmas soomuskuppel, kus asus komandopunkt ja selle all diiselelektrijaam. Patareide erinevaid maa-aluseid ruume ühendas sirge koridor.
Aegna saare kaitseks rajati ajutine 120 mm kahurite patarei. 1915. aastal alustati selle patarei taga uue patarei nr 14 ehitamist. Neli 130 mm kahurit asusid üksteisest 40 meetri kaugusel eraldi betoonpunkrites.
Saksalaste pealetung Eestisse 1918. aasta veebruaris sundis enamlasi siit lahkuma. Enne seda hävitasid nad võimsad merekindlused, sealhulgas ka Aegnal. Sakslased ei pidanud merekindluse taastamist vajalikuks ja piirdusid vaid nelja 6-tollise vanatüübilise välisuurtüki ning kahe 105 mm laevasuurtüki paigaldamisega 1918. aasta kevadel.
1918. aasta sügisest rahvusvaheline olukord muutus. 11. novembril 1918. aastal kirjutati alla vaherahule Saksamaa ja Entente`i riikide vahel. Sellega lõppes I maailmasõda. 11. novembril 1918. aastal taasalustas Eesti Ajutine Valitsus tegevust. Samal päeval algas Eesti Kaitseliidu loomine.
17. novembril 1918. aastal algas Aegna mehitamine kaitseliitlastega. Aegna esimeseks komandandiks määrati Johannes Paulson, kelle esmaseks ülesandeks sai enamlaste poolt Aegna rajatistele tehtud kahjude ülevaatamine ja taastamistööde korraldamine. Kahjustuste üldpilt oli masendav. Sakslaste kahurid olid minema viidud, laskemoon oli mööda metsa laiali loobitud, 12-tollise patarei betoonosa oli purustatud, mehhanismid rikutud.
12-tollise patarei taastamist juhtisid Jaak Feldmanni ja Edgar Hendriksoni. 1. mail 1919 tehti esimene proovilaskmine ning sama aasta oktoobris nimetati 12-tolline patarei ümber rannapatareiks nr 1.
Eerikneeme lähedale rajati rannapatarei nr 2 ning saare endise patarei nr 14 kohale rannapatarei nr 3. 
Koos patareide taastamisega remonditi ning ehitati neil aastail Aegnale mitmeid elumaju, ühiskasarmu (fotol), korrastati infrastruktuuri.
Vabadussõda lõppes 1920. aastal Tartu rahuga. Sellele vaatamata üritas juba 1. detsembril 1924. aastal Nõukogude Liidu salateenistus korraldada Eestis riigipööre. Need sündmused näitasid, et tugeva relvajõuta pole riigi suveräänsust võimalik kaitsta.
Tallinna ümbruse saartele ja rannikualadele rajati võimas rannapatareide võrk. Aegnal asus Eesti merekindluse suurim üksus, kus teenis ligikaudu pool merekindluse isikkooseisust. Erinevalt Naissaarest asustati Aegna elanikud 1922. aastal ümber lähedalasuvale Kräsuli saarele ja Viimsi poolsaarele ning kogu saar muudeti suletud merekindluse territooriumiks. Saare isoleeritus tingis mitmete kõrvalharudega tegelemist. Aegna Komandatuur oli sunnitud tegelema 
elektrijõujaama, raudtee (fotol üks kahest Aegna rongist), pesupesemise, töökoja, leivatehase, toidu- ja kütteainetega varustamisega jms.
Oma suurekaliibriliste kahuritega oli Aegna Komandatuur ainukene seesugune Eestis. Alates 1927. aastast allutati Aegna Komandatuurile ka Viimsi poolsaarel Lepneemes, Miidurannas ja Randveres asunud patareid.
1930. aasta juunis oli Aegna Komandatuuri rahuaegses koosseisus 22 ohvitseri, 61 üleajateenijat ning 248 ajateenijat. Sõjaaegsed koosseisud olid ettenähtud ligi 3 korda suuremad.
1920. ja 1930.aastatel asus Aegnal üle 150 erineva suurusega ehitist ja rajatist. Suurim puitmaja oli 1919. aastal valminud 1446,5 ruutmeetri suuruse põrandapinnaga ühiskasarmu. Saarel oli veel paarkümmend erineva suurusega elumaja, ohvitseride kasiino, staap, saun, sõduripood, kõlakoda, raamatukogu, ambulatoorium, elektrijaam, raadiojaam, pumbajaam jne.
Aegna Komandatuur pidi korras hoidma ka 285,6 ha suurust metsa. Komandatuuri külastanud ülemjuhataja kindral Johan Laidoner nõudis, et Aegna metsad olgu täielikult puhtad ning kuskil ei tohi prahti vedeleda. Seda nõuet täideti maksimaalselt.
Aegnal tegutses mitmeid seltse, seejuures ohvitseride, üleajateenijate, naisselts, näite- ja spordiring ning mitu orkestrit, alates 1926. aastast ka algkool.
1933. aasta novembris toimus Tallinnas Soome lahe sulustrateegiaga tegelevate eesti ja soome ohvitseride esimene staabiõppus. Staabiõppusel lähtuti sellest, et Soome lahe kitsus suletakse viiel erineval moel. Esimene ühine sulutsoon käsitles rannakaitsesuurtükiväe koostööd. Eesti-Soome suurtükipositsioon koosnes lahe kitsuse mõlemale kaldale paigutatud keskmise- ja suurekaliibriliste rannakaitsesuurtükkide risttulest, mida juhiti ühise tulejuhtimisevõrgustiku abil. Tulejuhtimise andmed anti vastaskalda suurtükkidele mööda Soome lahe põhjas olevat merekaablit. Samal ajal oli suurtükkide tuld võimalik juhtida ka raadio teel. Nii juhiti Aegna ja Naissaarelt Mäkiluoto suurtükkide tuld ja vastupidi.
Soome poolel olid rannakaitserelvadeks pommi- ja gaasikindlatesse soomustornidesse paigutatud ning elektriliselt juhitavad 12-tollised kaheraudsed suurtükid. Mäkiluotol ja Kuivasaaril oli kokku neli suurtükki. Mäkiluoto kindluse suurtükituli ulatus kuni Naissaare ja Aegnani. Kuivasaari kahurite tuli aga kuni Eesti rannikuvetes oleva keri saareni. Lisaks neile paigutati kolmekümnendate aastate keskel Mäkiluotole veel kaks 8-tollist (203 mm) suurtükki, mille laskekaugus ballistilise (terava otsaga) mürsuga oli umbes 27 km, ulatudes Soome lahe keskkohani. Soome suurtükipositsioone tugevdati 1934-1936. aastal Rönnskäri saarele paigutatud 6-tolliste (152 mm) suurtükkidega, mille ülesandeks oli lisaks sulu tugevdamisele kaitsta ka Mäkiluoto kindlust. Helsigi lähedal olnud Katajaluoto, Rysäkäri ja Isosaari kindlustes oli kokku kaksteist 10-tollist (254 mm) rannakaitse suurtükki, mille tulesektor lõikus Aegna saarel olnud 305 mm suurtükkide tulega. Lisaks neile oli neist ida pool asunud Villingi kindluses veel neli samasugust suurtükki. Seega oli Soome lahelt Läänemerre tungivaid laevu Helsingi lähistelt võimalik tulistada kokku kuueteistkümnest 10-tollisest suurtükist.
Eesti poolel oli Aegna saarel asunud suurtükitornides kokku neli 12-tollist (305 mm) suurtükki, millede tuli ulatus Mäkiluoto saare lähistele.1934. aastal moderniseeriti Aegna patareisid. Teatavad tehnilised täiustused võimaldasid suurendada 12-tolliste kahurite laskekaugust 28 kilomeetrilt 43 kilomeetrini. Olgu lisatud, et 12-tollise kahuri mürsk kaalus kuni 470 kg, laengu kaal oli vastavalt laskekaugusele varieeruv. Ühtlasi muudeti 12-tolliste patarei absoluutselt gaasikindlaks ruumide siserõhu tõstmise ja tihendite abil. Tavalistel õppelaskmistel 12-tollised vaikisid, sest üks lask maksis praeguses vääringus ligi 150 000 krooni. Sel puhul paukusid soomustornide katusele monteeritud sünkroonsed pisisuurtükid.
Lisaks 12-tollistele suurtükkidele olid Aegnal veel neli ja Naissaarel seitse 8-tollist (152 mm) suurtükki, millede laskekaugus oli 20 km, seega kuni Soome lahe keskele. Kolmekümnendate teisel poolel paigutati Naissaarest lõuna pool asunud Suurupi kindlusesse veel kolm 9,2-tollist (234 mm) suurtükki, millede laskekaugus ulatus kuni 24 kilomeetrini.
Seega keskendusid Soome ja Eesti rannakaitse kindlused sõja korral Soome lahe kitsusele, sulgedes mõlemal pool lahte asunud kindlustest suurtükitulega väljapääsu Läänemerele. Selleks oli neis kindlustustes kokku kaheksa 305 mm, kuusteist 254 mm ja neli 234 mm suurtükki, millised võisid 5-6 minuti jooksul välja tulistada kuni 1000 mürsku.
23. augustil 1939. aastal sõlmiti Moskvas Nõukogude Liidu ja Saksamaa mittekallaletungi leping. Molotov-Ribbentropi lepingu salajases lisaprotokollis jaotati omavahel Ida-Euroopa. See pakt vallandas II maailmasõja.
Kaks päeva pärast Pariisi vallutamist Wehrmachti poolt, so 16. juunil 1940 esitas Nõukogude Liit ultimaatumid Eesti ja Läti valitsusele, nõudes neile meelepäraste valitsuste moodustamist ja Punaarmee täiendavate jõudude lubamist oma territooriumile. Kuna Eestil polnud kusagilt toetust loota, pidi J.Laidoner 17. juunil 1940. aastal kirjutama Narvas alla Nõukogude lepingu tingimustele. Lepingu salajastes protokollides oli muu hulgas nimetatud ka Aegna saart.
19. juunil saabus Tallinna Nõukogude Liidu kõrge parteitegelane Andrei Zdanov, kelle juhtimisel viidi siin läbi riigipööre. A.Zdanovi vahetul juhtimisel moodustati 21. juunil Johannes Varese valitsus. 5.juulil 1940 sõlmisid Nõukogude võimu esindajad A.Zdanov ja V.Botskarjov formaalse lepingu J.Varese valitsusega, millega lubati 10 aastaks Naissaar ja Aegna rendile Nõukogude Liidule. Moskvast juhitud riigipöörde viimase faasina kaotati 6.oktoobrini 1940 kestnud formaalne iseseisvus ning Eestist sai NSV Liidu osa.
1941. aasta augustis vallutasid saksalased Tallinna. Eestist lahkuv Nõukogude sõjavägi hävitas Aegnal kõik rannakaitsekahurid, laskemoonalaod ning osa elumaju. Kõrval asuva Kräsuli saare elanike mälestuste järgi oli kogu Aegna saar justkui tulemeri.
II maailmasõja ajal sakslased Aegnal kindlustusi ei kasutanud. Ka Nõukogude väejuhatusele polnud pärast sõda Aegna merekindlusena enam oluline. 1947. aastal asus Aegnale Balti mere laevastikule allunud, ligi 100 meheline õhutõrje väeosa. 1955. aastal nimetati väeosa ümber 1142. seniitsuurtükiväepolguks.