1956. aastal lahkusid kõik Nõukogude mereväega seotud isikud saarelt ning nende asemele asusid piirivalvurid, kelle staap asus Viimsis. Aegnal viibis vahetuste kaupa korraga kuni 12 meheline piirivalvurite grupp. Hiljem elasid kõik piirivalvurid saarel.
1956. aasta veebruarist algas Nõukogude ajaloo lühike periood, mida ajakirjanduses nimetatakse Hrustsovi sulaks. Nende sündmustega seondus ka Eesti NSV Rahvamajanduse Nõukogu moodustamine 1957. aasta juunis. Rahvamajanduse Nõukogu loomine soodustas kohalikku initsiatiivi ja suurendas vabariigi õigusi oma territooriumi haldamisel ja majandamisel.
Selline muutus kehtis ka Aegna kohta, sest vastasel juhul poleks 1957. aastast saanud sinna korraldada üksikgruppidele ekskursioone.
Saarele hakati andma Tallinna ettevõtetele endiseid sõjaväehooneid puhkemajadeks. 1959. aastal oli saarel puhkemaju kümnelkonnal Tallinna ettevõttel.
1964. aastal oli puhkemaju ja suvilaid juba 23 asutusel. (Pildil hobusõiduk 1960. aastate algul Aegna klubi juures).
Aegna arengut takistas asjaolu, et see kuulus Harju rajooni alla. Tallinna linnavõimud ei saanud tollaaegseid piiranguid arvestades kulutada vahendeid Aegna arenguks.
1975. aastal allutati Aegna Tallinna Mererajooni RSN-le. Sellega kaasnesid mitmed muutused. Saarele pääsemine muutus kergemaks. Olulisem oli ühtse juhtimise loomine. 1975. aastal moodustati Tallinna Ettevõtetevaheline Puhkebaas “Aegna”.
Aastatel 1960-1970 mahutasid Aegna puhkemajad kuni 700 puhkajat. Nädala lõppudel suurenes see ühepäeva turistide läbi kuni 2000 inimeseni. Kuigi Nõukogude piirivalve piiras saarel liikumist, pakkusid puhkajatele avatud rannad häid puhkevõimalusi.
Suure rahvahulga toitlustamine määras Aegna puhkekodude maine. Saare keskkosas asunud söökla oli tähtsaimaks toitlustusasutuseks.
Aegnal tegutsenud klubi oli külaliste hulgas populaarne. Kõige sagedamini kasutati klubi saali kinona. Kokku mahutas kinosaal vähemalt paarsada huvilist. Klubis esinesid aeg-ajalt mitmesugused ansamblid, toimusid diskod ning isegi tsirkuseetendused. Üksi 7. maist 15. oktoobrini 1987 korraldati Aegna klubis 3 ettevõtte taidlejate kontserti, 5 Eesti Filharmoonia kontserti, 4 Nukuteatri etendust ning nelja muu organisatsiooni korraldatud kontserti. 29.07.1988 hommikul põles klubi maha (pildil), sama päeva õhtuks oli välja kuulutatud “Kuum suvedisko” Allan Roosilehe eestvedamisel.
1989. aasta puhkehooajaks ehitati kõlakoda, kus korraldati kontserte ja diskoõhtuid. “Eesti Fosforiidi” poolt loovutatud ruumides toimusid regulaarsed kinoetendused.
Aegna suurimaks väärtuseks on saare mitmekesine loodus. Metsa heakorra eest hoolitses kuni 1997. aastani kohalik metsavaht. Suurtes metsdes leidsid peavarju mitmed loomad. Ulukitest elasid saarel metskitsed, rebased, mustoravad ja jänesed.
Patareide varemed olid rebastele soodsaks pesitsuskohaks ja nende arvukuse suurenemine põhjustas jäneste täieliku kadumise. Oli ka perioode, kus metssead ujusid Aegnale kas siis mandrilt või Naissaarelt, tundes siin end eriti koduselt kohaliku metsavahi kartulivagude vahel. Ka põtru on saarel kuni viimase ajani aeg-ajalt liikunud.
Sõjale orienteeritud Nõukogude riik ja ühiskond ei olnud pikaajalise rahu tingimustes efektiivne. Selle majanduslik kokkuvarisemine oli vaid aja küsimus. Baltimaades, kus kõige vähem püsis illusiooni Nõukogude riigi retoorika osas, suudeti ka kõige valutumalt väljuda sellest süsteemist. Eesti rahvale oli iseseisvuse taastamine 1991. aastal kogu edaspidise arengu seisukohast määrava tähtsusega sündmuseks. See lõi head eeldused Aegna saare väljaarendamiseks selliseks puhkekeskuseks, mis säästaks ka saare unikaalset looduskeskkonda. Alates 1991. aastast on Aegna ka maastikukaitseala. Paraku paljude objektiivsete asjaolude kokkusattumise tõttu ei toimunud Aegnal kaua mingit märgatavat edasiminekut. Küsimus ei olnud ainult saare isoleerituses. Üleminek ühiskonnast, kus valitsesid lühiajalised kasud, ühiskonda, mis on orienteeritud pikemaajalistele eesmärkidele, ei saanudki olla kerge. Ei saa arvestamata jätta ka seda, et Nõukogude riigist jäi raske pärandina alles suure füüsilise kulumusega tootmishooned, elamud ja tehnovõrgud, mis vajasid väljavahetamist või põhjalikke remonte. Korraga kõikjal neid muutusi polnud võimalik teha. Nende probleemide tiheda pingerea tõttu nihkusid Aegna probleemid paratamatult tahaplaanile. Praeguse aja ehitustegevus erineb hoopis kõrgemate normide ja nõuete poolest radikaalselt Nõukogudeaegsest ehitustegevusest. Maastikukaitseala nõuete tõttu on mõeldamatu tegutseda ilma terviklahenduseta. See tähendab prügi saarelt toimetamist, nõuetekohast veetrassi ning puhastusseadmete väljaehitamist. Regulaarse laevaühenduse käivitamiseks on vaja teha suuri kulutusi (väike)sadama väljaehitamisel.
Keerulisel üleminekuajal koordineeris teenindamist, toitlustamist, ehitus- ja heakorratöid saarel algul AS Aegna. Konkreetseteks töödeks sõlmiti erinevate firmadega lepinguid. AS Facio pidi tagama saarel puhkehooajaks sanitaartehnika, elekti- ja telefoniside. Rohelise Rügemendi õlgadele jäi heakorra- ja järelvalve tagamine.
Rohelised alustasid heakorratöödega saarel juba 1990. aastal. Siis rajati koos metskonnaga Karnapi randa uued telkimis-lõkkekohad, koristati metsa ja prügi. 1993. aastal loodi keskkonnapatrulli töörühm, mis lisaks mandrile ka saarel aastaringset valvet tegi. Selleks osteti puhkemajade toetusel päramootoriga varustatud paat. Patrull oli varustatud laigulise vormiriietuse ja rügemendi eraldusmärkidega. Linnalt saadi valveks ka protokollimis- ja trahvimisõigus. Saare üheks alaliseks probleemiks oli suur tuleoht, mistõttu enamuse vormistatud trahvide põhjuseks oli isealgatuslike lõkete tegemine.
Toonast saarel valitsenud olukorda iseloomustab Rohelise Rügemendi vanema Hugo Udusaare Õhtulehe artikkel “Eikellegi Aegna”: “Alkoholi liikpruukimine, sellest tulenevad väljaelamised, risustamine, rüüstamised, metsapõlengud on kujunemas maastikukaitseala lahutamatuks kaasnähtuseks…Tundub, nagu oleks Aegna katsejänese osas. Püütakse selgusele jõuda, mis juhtub siis, kui mõnigi teine linnaosa prüginduses, heakorras ja korrakaitses omapead jätta. Või ei mõisteta, et täna saare pealt kokkuhoitu tuleb varem või hiljem mitmekordselt lunastada”.
1990. aastate teisel poolel Aegnal tegutsenud ettevõtted ja asutused kas laostusid või suundusid teisele tegevusalale. Lühikese aja jooksul andsid sealsed asutused oma majad müüki. Näiteks 7. märtsil 1995. aastal toimunud AS Aegna üldkoosolekul oli päevakorras 4 ettevõtte – Tarbeklaasi, Tselluloosikombinaadi, Klementi ja Tehnoprojekti lahkumine aktsionäride koosseisust. Paljud omanikud olid muutunud iseseisvamateks ja ei vajanud enam vahelüli ega katusorganisatsiooni. Seetõttu AS Aegna tegevus vaibus.
Puhkemajade omanike vastuolude tõttu ei töötanud saarel veetorustik ning prügi maeti jätkuvalt saarele. Nii nende ja teiste probleemide ning kaasaegse sadamasilla väljaehitamise taha takerdus kogu saare edasine areng. Mitu aastat venis ka regulaarse laevaliikluse avamine. Mitmete asjaolude kokkusattumuse tulemusena kujunes 1997. aastal saarel kaootiline ja määramatu olukord. Loomulikult kahandas see ka saare populaarsust.