2000-ndate algusaastad ei erinenud oluliselt 1990-ndate lõpuaastatest. Suur osa endiseid asutuste puhkemaju oli müügis, kai kehv seisukord, stabiilse laevaliikluse puudumine, amortiseerunud veetrass ja korraldamata jäätmekäitlus olid jätkuvalt saare arengut pidurdavaks teguriks.
2005.aasta algul tegi torm Aegna sadamasillale, metsale, elektrivõrgule ja isegi rannaäärsele teele palju kahju. Tormikahjustuste likvideerimine ning püsielanike teke said omapäraseks piirjooneks, kus taastamisetöödel hakati lähtuma pikemaajalisest perspektiivist.
2006.aasta kevadel ja suvel tehti Aegna kai põhjalikud rekonstrueerimistööd, mille tulemusena sai liinilaev kai ääres juba ohutult silduda. Lähiajal on kavas kai ehitustöödega jätkata.
Kvalitatiivsed muutused saarel toimusid 2007.aastal. Tallinna Linnavalitsuse tellimusel tegi Esmar Ehitus 2007.aasta aprillis-mais pumbamaja korda, rajati korralik veevõtukoht päästeteenistusele ning avalik veevõtukoht. Samas alustati aastaringse veetrassi ehitustöödega. Algust tehti süsteemse prügi äraveoga, põhja- ja lõunaranda rajati pinkide-laudadega, lõkkeasemetega, lõkkepuudega ja prügikonteineritega varustatud ametlikud telkimis-lõkkekohad. Saare rannaaladele ja kai juurde paigaldati kuivkäimlad. 2007.aasta lõpus rajati saarele kolme erineva marsuudiga ja 24 infopostiga matkarajad.
2008.aastal paigaldati saare rannaaladele, kai ja loodusmaja juurde uued infokaardid, saare olulisemad teelõigud varustati viidasüsteemiga. Alustati ka teeäärte koristustöödega tuulemurrust. Loodusmaja juurde paigaldati külakiik. 2008.aastal koguti saarelt rekordarv 100 000 liitrit prügi, millest 40 000 koguti kevadistel heakorratalgutel (fotol prügi äravedu).
Üheks keskseks ehitiseks Aegnal on 2008.aastal valminud loodusmaja kompleks, mis koosneb neljast hoonest ja 15-st 4-kohalisest kämpingust. 2008. aasta septembrist käivitus saarel jäätmehoone.
2008.aasta oktoobris ilmus trükist Robert Nermani raamat Aegna. Ligi kaheaastase töö tulemusena valmis 311-leheküljeline sisutihe trükis, kus on käsitletud Aegna värvikat ajalugu alates muinasaegsetest sündmustest kuni tänaseni. Raamatul on ka pikem ingliskeelne kokkuvõte koos fotoaluste ja skeemide tõlgetega.
10.01.2009 leidsid saare püsielanikud hävinuks peetud 11-käiguringiga kivilabürindi, mida vanasti kutsuti ka Jeruusalemma linnaks. Arvatalt keskajast pärit ja ligi 41% ulatuses säilinud kivilabürint taastati peale arheoloogide uurimistöid. Sestpeale on see muutunud saare üheks enimkülastatavamaks rajatiseks.
2009.aastal jätkati saarel avaliku ruumi korrastamisega – korraldati heakorratalguid, telkimis-lõkkekohad varustati statsionaarsete grillalustega, sadamaalale paigaldati ootepaviljon.
28.06.2009 liitus Aegna saar Eesti Saarte Koguga. 1992.aastal asutatud organisatsiooni eesmärgiks on saarte arengu ja järjepidevuse tagamine.
2009.aasta lõpus käivitasid saare elanikud Aegna saare kodulehe aegna.ee.
2011.aasta sügisel lõppes 2006.aastast alguse saanud kämpingusaaga, mille tulemusena olid OÜ Aegna Reisid sunnitud seadusvastaselt riigimaale püstitatud kämpingulinnaku lõpuks likvideerima. Sama aasta sügisel toimusid AS Fortum Elekter tellimusel Aegnal suuremahulised elektritööd, mille käigus asendati kogu senine amortiseerunud õhuliin maakaabliga (fotol).
Aegna on Tallinna Kesklinna Valitsuse haldusala, kus asub 24 kinnistut. Aastaringselt elab siin kaks ja suveti kümmekond inimest.