Aegna kivikülvi vahetuses läheduses, mõnikümmend meetrit läänepool asub vana kalmistu. Esimesed märkmed Aegna kalmistust pärinevad 1755. aastast Paul Johanseni sulest. Olgugi, et Johansen kirjutas toona ka Aegna kabelist, ei mainita 26 matuse puhul ajavahemikul 1736-1784 kordagi kabelit või kirikut. Küll on teada, et 1798. aastal rajati Aegna küla idaserva (praeguse loodusmaja piirkonda) Elisa kabel.
12. juulil 1882 õnnisati saare kalmistu kõrval sisse uus puidust kabel (fotol). Peale matusetalituste tuldi kokku ka pühapäeviti ja pühade ajal. 1920. aastani kasutas Aegna kabelit ja kalmistut ka Rohuneeme ja Püünsi rahvas. Seoses rannakindlustuste rajamisega ja elanike evakueerimisega Aegna saarelt demonteerisid kohalikud elanikud kabeli 1921. aasta talvel. Detailid veeti jääd mööda Rohuneeme külla ja püstitati uuesti Oti talu poolt annetatud maatükil, kuhu rajati ühtlasi surnuaed. 1944. aastal Nõukogude Armee poolt hävitatud kabel taastati ja õnnistati sisse 2004. aastal.
Vanast Aegna kabelist on taastatud puukabelis järel tornikell.
Ent tagasi Aegna kalmistu juurde. Aegna kalmistult leiab ligi poolsada maetut, kelledest lõviosa maetud 19. sajandil. Lisaks leiab sealt kaks mälestuskivi. Ühel on jäädvustatud kahte Nõukogude madrust, kes said 1947. aastal plahvatuse läbi hukka. Teine mälestukivi on paigaldatud 1996. aastal õnnetult hukka saanud saare metsavahile Raevo Lillele.
Aegna vana kalmistut võib mõneti pidada ka topeltkalmistuks. Nimelt oli see varemalt piiratud kiviaiaga. Paraku võtsid Nõukogude väed piirdekivid oma ehituse tarbeks. Samas asendati kiviaed saarelt üles võetud raudtee rööbastega. Nõnda on ka 5,5 km pikkune kitsarööpaline raudtee leidnud kohase jäädvustuse.
Kultuuri- ja haridusministri 19.07.1995.aasta määrusega on Aegna kalmistu tunnistatud kultuurimälestiseks.