Aegna loodusväärtusteks on vanad metsad, eriilmelised rannad, väikesed soolaigud ja suured rändrahnud. Saarel on ca 350 soontaime, üle 100 sambla- ja vähemalt 150 samblikuliiki, millest paljud kuuluvad kaitstavate liikide hulka. Ulukitest kohtab sagedamini metskitsi ja rebaseid. Linnuliikidest kohtab nii läbirände, ranna- kui ka metsaliike. Kurikneeme sihtkaitsepiirkonnas pesitseb kaitsealune merikotkapaar.
Aegna on 1991. aastast maastikukaitseala, loodusväärtuste säilitamine on reguleeritud Aegna maastikukaitseala kaitse-eeskirjaga.
2007. aastal rajati Aegna saarele kolme erineva marsuudiga loodusrada. Loodusrada on varustatud 24 infopunktiga. 2008. aastal valmis Külaniidu tee 12 loodusmaja kompleks, mille põhitegevus on suunatud koolinoortele, et tutvustada saare loodust, korraldada looduspäevi. Aegna mitmekesine loodus võimaldab koostada mitmesuguseid herbaariume ning tutvuda rannatüüpide ja metsakooslustega.
Aegna on tasandikulise pinnamoega, mida liigestavad erinevad rannamoodustised, luited ja sood. Rannamoodustusi esineb üle kogu saare (vt alumist kaarti). Suuremad luited paiknevad saare põhjaosas, paljudesse neist on rajatud militaarehitisi. Kirde-, ida- ja kagurannikul kohtab 2-3 m kõrgusi rannaastanguid. Randade murrutus on eriti intensiivistunud viimastel aastakümnetel. Suuri purustusi tõid kaasa 1999., 2001. ja 2005. aasta sügistalvised tormilained. Saare edelarannikul Talneeme ja Punakivi kari vahelisel rannalõigul (500-600 m) taandus rannaastang 5 aasta jooksul kuni 5 meetrit.
Lisaks tormide sagenemisele ja jää puudumisele meres on murrutust soodustanud inimtegevus. Intensiivsemad purustused Talneeme rannas algasid pärast 1990. aastat, kui moreenastangu jalami eest likvideeriti astangut tormide eest kaitsnud munakatest-rahnudest kivisillutis. Inimeste tegevus on ka varem Aegna saarel rannapurustusi intensiivistanud. Näiteks 1915.-1917. aastal veeti Karnapi rannast ja mujalt rannalähedaselt merepõhjalt rahne sadamamuuli ehituseks, nõrgendades randade looduslikku kaitsevõimet.
Tormilainete jõud ja mõju randadele on eriti tugev sügistalviste tsüklonitega esineva kõrgvee ajal, avaldades rannale laevalainetest suuremat mõju.
20. sajandi alguses oli Aegnal metsamaad 67% , tänaseks on metsamaa pindala suurenenud ligi 85%-ni. Samas on vähenenud liivikud: sajandi algul oli neid kuni 23%, 20. sajandi lõpul esines liivikuid vaid kitsa ribana saare põhjaosas, mis ei moodustanud saarest isegi ühte protsenti. Aastate jooksul on märgata rohumaa pindala mõningast suurenemist. Suurenenud on ka põõsastike osatähtsus, võttes enda alla 4% saare pindalast. See on toimunud rohumaade võsastumise tõttu.
Saare aluspõhi asub 20-40 meetrit allpool merepinda, selle moodustavad Kambriumi Lontova lademe aleuroliidid ja savid. Pinnakattes valdab liiv, mis katab liustikesetteid.
Aegnal on pinnamoest ja setetest lähtuvalt 10 maastiku-paigasetüüpi (vt. kaarti), milles valitsevad mereliivatasandike-, vanade rannavallide ja luitepaigased.
Saare eripäraks on soostuvate maade ja soopaigaste esinemine (14% pindalast), mida tavaliselt eesti väikesaartel ei ole. Suhteliselt väike on nüüdisaegsete mererannapaigaste osatähtsus – vaid 6,3%. Paigastesisest liigestatust näitab taimkatte mitmekesisus. Domineerivad erivanuselised männikud ja kuusikud, lehtpuumetsadest kasvab siin sanglepikuid, vähem kaasikuid. Laialdaselt on levinud nõmmemetsadest samblikumännikud ning palumetsadest pohla- ja mustikamännikuid ning -kuusikuid.
Laialdaselt on levinud nõmmemetsadest samblikumännikud ning palumetsadest pohla- ja mustikamännikud ning -kuusikud. Rabastuvatest metsadest esineb saarel karusambla-mustikakuusikuid. Liigniisketel kasvukohtadel kasvavad sõnajala- ja lodumetsad, enamasti sanglepa puurindes. Et suur osa soodest on saarel kunagi kraavitud, esineb ka kõdusoometsi.
Saarel esineb rohkesti rändrahne, millest suuremad on looduskaitse all. 1996. aastal võeti kaitse alla saare kaguosas olev erineva suurusega rändrahnude kogum – Lemmikneeme kivikülv. Kogumi nimi on Suured kivid. Tulekivil ehk Sihi-Suurkivil on ümbermõõt 34,1, kõrgus 3,8 m. Nimeosa “sihi” tuleneb Aegna pikimast metsasihist. Kivil tehtud vanasti jaanituld, millest ka Tulekivi nimi. Saare kirdeosas oleva Eeriku- ehk Maiekivi ümbermõõt on 23, kõrgus 4 m.
Alumisel kaardil on märgitud Aegna saare Natura 2000 elupaigatüübid. Aegna suureks väärtuseks on metsa ja rannikuga seotud elupaigatüübid ja niidud. Natura 2000 elupaikadest on laialdasemalt esindatud vanad loodusmetsad – pohla- ja mustikamännikud ning karusambla-mustikakuusikud, mis paiknevad peamiselt saare keskosas. Saare soostunud aladel kasvavad soostuvad ja soolehemetsad. Saare rannikualadel eristuvad atlantilise, kontinentaalse ja boreaalse piirkonna metsastunud luited. Nüüdisranna piiresse jäävad elupaigatüüpidest Läänemere kesk- ja põhjaosa rannaniidud ning püsirohttaimestikuga liivarannad.
Niidukooslusi esineb saarel vähe. Lemmiku nina põhjaosa niidul domineerib võnk-kastevars, maapinnal esineb palju samblikke. Ka mujal ranna läheduses esineb looduslikke niidulappe, näit. Lemmiku kaela põhjaosas.
Aegna on Eesti väikesaartest üks omapärasemaid. Seda liigestavad mitmed sood, luited, erinevad rannatüübid jm.
Kasutatud materjal: Eesti Geograafia Seltsi aastaraamat, 36 köide, “Aegna saare looduslik mitmekesisus ja kasutusprobleemid” – Urve Ratas, Laimdota Truus, Leiti Kannukene, Kaija Käärt, Henn Pärn.