Aegna on enamjaolt metsane, siin domineerivad erivanuselised männikud ja kuusikud. Männikutest on suuremad Järvetee männik saare loodeosas ja männikud Aegna keskkõrgendikul. Järvetee samblikumännikus on suhteliselt tavaline nõmm-kaksikhammas (Dicranum spurium). Aegna keskkõrgustiku palumännikute samblarindes kohtab kaitsealust (III kategooria) ja Natura 2000 samblaliiki harilikku valvikut (Leucobryum glaucum). Metsane jalgrada on kohati kaetud hariliku valviku mätastega. Harilik valvik kasvab veel Järvsoo lõunaserva jäävas madalsoometsas. Selles metsas kasvavad ka kõik Aegnalt seni leitud seitse turbasamblaliiki: Girgensohni turbasammal (Sphagnum girgensohnii), harilik turbasammal (S. flexuosum), kallas-turbasammal (S. riparium), mets-turbasammal (S. squarrosum), narmasleheline turbasammal (S. fimbriatum) ja nõgusaleheline turbasammal (S. palustre), mis on ka Natura 2000 liigid. Järvsoo põhjaossa jäävas kõdusoometsas (kuusikus) kasvab lamapuidul Eestis haruldane kaunis sarmik (Isopterygiopsis pulchella).
Ka saare kirdeosas Lemmiku ninal asuv kuiv paluniit paistab silma rikkalikult esinevate samblike poolest. Liigirikkalt on sammaldega kaetud Lemmikneemel asuvad rändrahnud. Nendel võib kohata enamikku Eestis teadaolevatest härmikute (Racomitrium) perekonda kuuluvatest liikidest, nagu villhärmik (R. lanuginosum), pisikupraline- ja kivihärmik (R. microcarpon, R. heterostichum) ja liivhärmik (R. canescens). Sageli kasvab mitu härmiku liiki koos ühel kivil.
Aegna saare kirdeosas, Eerikneemelt kagus on kividerikas kruusa-veeristikurand, kus ühelt rannakivilt leidis Urve Ratas Eestis väga haruldase samblaliigi haruhärmiku (Racomitrium fasciculare). Aegna suurtel rändrahnudel ja kivikülvi kividel esinevad enamasti tavalised kividel kasvavad samblad Mühlenbecki rahnik (Grimmia muehlenbecii), harilik lumilehik (Hedwigia ciliata), harilik lähistanukas (Schistidium apocarpum) jt., Kividelt võib leida ka vähem sagedasi liike, nagu vill-, kivi- ja pisikupraline härmik ning pugu-penihammas (Cynodontium strumiferum). Rannakaitse betoonrajatistel kasvavaid liike, nagu petlik lõhistanukas (Schistidium confusum), hall rahnik (Grimmia pulvinata), harilik niithammas (Didymodon rigidulus), lood-jõhvsammal (Ditrichum flexicaule) looduslikes kooslustes ei ole kohatud.
Läänepoolsema levikuga liikidest kasvab Aegnal lisaks harilikule valvik kännuvildik (Aulacomnium androgynum), laane-ehmik (Thuidium tamariscinum) ja hall rahnik (Grimmia pulvinata).
Aegna saare samblafloorat on uurinud Leiti Kannukene seoses Aegna maastikukaitseala kaitse-eeskirja eelnõu koostamisega ning Aegna maastikukaitseala Natura 2000 inventuuriga. Uurimistöid tehti Harju Keskkonnateenistuse (Keskkonnaamet) tellimusel ning Urve Ratase ja Laimota Truusi juhendamisel. Välitööde käigus kogutud materjalide põhjal koostatud Aegna saare sammalde nimestik sisaldab 108 liiki. Herbaarmaterjal (191 säilikut) asub Eesti Loodusmuuseumi herbaariumis (TAM).