Mandriinimese pilguga vaadeldes tunduvad Aegna sood küll olevat rohkem niisked lohud. Siiski moodustavad need sääskede meelispaigad saare pinnast märkimisväärse osa (14% saare pindalast).
Aegna sood on enamasti madalsood, mille turbahorisondi paksus on 30-70 cm. Suurem osa neist paiknevad saare läänepoolsel alal. Saare endisest kasarmust-keskusest põhja pool (loodusraja infopost nr 9), luidetest lõunas satume Samelikusoo juurde (nr. 6), kus kasvab sanglepalodu. Rohurindes on metskõrkjas, lodukannike, soo-osi, laiuv sõnajalg, metskastik jt. Samblad maapinnal puuduvad, neid kasvab aga lamapuidul ja puude tüvealustel. Ennist nimetati sood ka Samelikuloiguks, mis viitab varasemalt suuremale veehulgale.
Kui sammuda kasarmust-keskusest läände (loodusraja infopost nr 4), oleme peagi Järve- ehk Järvsoo põhjaserval. 1689. aasta Aegna kaardil näeme selles kohas väikest järvekest nimega Eng sjö – rootsi keeles niidujärv. Seda ümbritses heinamaa. Tõenäoliselt oli äravool seal nõrk, mida tõestab märksa suurem ja liigestatud kaldajoonega veekogu 1826. aastal valminud kaardil.
19. sajandi lõpul lasti järv kuivaks, järvepõhja tahenedes istutati sinna mets. Tänapäeval kasvab Järvsoos (nr. 3) kõdusoo- ja lodumets, kus puurindes sanglepp, harvem kask ja kuusk. Rohurindes kohtab tarna liike, metskõrkjat ja võhumõõka, sammaldest mets-turbasammalt, sooservas südajat tömptippu, hammas-tähtsammalt, harilikku karusammalt jt. Järvsoo on saare suuremaid ja veerikkamaid soid.
Järvesoost lõunas on Talneeme soo (nr. 2). Kahest viimasest ülalnimetatud soost ranna poole, üle endise raudteetammi jääb kaks vesist lohku: põhja poole Üljevasoo (nr. 5), lõunasse Raiesmiku- ehk Raiestikusoo (nr. 4).
Tagamaa tee ääres asub Krõnka- ehk Krenkusoo (nr 1). Akadeemik Paul Ariste järgi on kränk üks uuematest rootsi laenudest eesti keeles tähendusega kõver puu. Arvatavasti kasvasidki selles soos puujändrikud. Kui aga märkida, et soo oli konksja kontuuriga (rootsi keeli on krök konks, kõverik), siis peaks arvesse võtma ka rahvaetümoloogilist lähenemist.
Tänapäeval kasvab Krõnkasoos kõdusoomets männi ja sanglepaga. Metsa all kohtab laiuvat sõnajalga, sammaldest harilikku karusammalt, turbasamblaid jt. Muiste tunti Krõnkasoo ess hirmu. Lastele oli koguni keelatud sellele “neetud paigale” lähenemine. Milles siis asi?
Nimelt põgenenud Soomest Aegnale kaks kaupmeest, sest neid tahetud vägisi sõjaväkke võtta. Mõnda aega elanud nad rahulikult, siis äkki kadunud nagu tina tuhka. Ning alles 1860ndail aastail tunnistanud üks saareelanik oma surivoodil, et just tema löönud mõlemad rahahimus maha ja heitnud laibad Krõnkasohu…
Aegna saare keskkõrgendikust Lemmiku pool on Saunasoo (nr. 7), mis sai nime seal kõrval asunud saunast. Karnapi tee 6 hoonest üle samanimelise tee minnes, põhja suunda, jääb vaevuleitav ja -aimatav Juhanisoo (nr. 8).