Aegna mitmekesise loomastiku aluseks on olnud saare kujunemislugu, vahelduvast pinnamoest tingitud maastikuline omapära ning asend maa ja mere piiril. Mõistagi on aastasadade vältel oma osa siinsel inimtegevusel.
Saare areng algas pärast mandrijää taandumist 11 000 aastat tagasi. Aegna hakkas merepinnast kerkima umbes 3000 aastat tagasi. Algselt ulatus merest välja vaid väike laid. 8. sajandil eKr. oli see vaid ruutkilomeetri suurune ja 2-3 meetri kõrgune. Tänapäeval on kunagise laiu kohal saare keskosas kõrgendik, mis ulatub ligi 11 meetrit üle merepinna. Praegu on saare pindala 3 km 2 ning saare kasv jätkub ca 2,4 mm/aastas.
Aegna saare kirdeosas asuv Lemmik ehk Lemmikneeme oli veel mõnisada aastat tagasi veel all, kujunedes algselt mitmest väikesest saarekesest. Lemmikul asuvate suurte rändrahnude vahel olid siis sageli ankrus hülgeküttide purjepaadid. Ka elutsenud seal jäneseid ning rohkesti veelinde. Sealsed luiged olnud heast toitumisest ennast nõnda täissöönud, et polevat suutnud lendugi tõusta. Pajatuste järgi olevat siis jahimehed ühe pauguga lasknud kuni viisteist “ujujat”. Peamiselt saadi neilt hinnalisi udusulgi, liha söödi soolatult või äädikas leotatult. Aule jätkunud toona koguni sigade söögiks.
Neeme ümbrus olnud ka kaluritele üheks paremaks püügikohaks. Lemmikul asuval Tulekivi täitis siis kohaliku majaka funktsiooni – karide vältimiseks süüdati pimeduse saabudes kivil lõke. Lisaks kalapüügile, linnu ja hülgejahile oli Lemmik kena vaate ja looduskeskkonna poolest paljudele lemmikpaigaks. Sellest ka Lemmiku nimi. 1920.aastate keskel oli Lemmikul ja kõrvalsaarel Kumblil kala- ja tõmmukajakad, tiirud, kosklad, punajalg-tildrid ja liivarüdid. Naabruses asuva Kräsuli saare elanike ning Rohuneeme kordoni piirivalvurite andmeil selgus, et kevadeti lendas antud piirkonnast läbi igasuguseid merelinde, kuid pesitsema jäid vähesed, sest vanast ajast oli elanikel komme linnumune koguda.
Pildil veltveebel Kõrge 1930.aastatel talvisel linnujahil.
1937.aastal tegi Loodusuurijate Seltsi (LUS) Tallinna osakond Looduskaitse nõukogule ettepaneku kaaluda Kumbli, Kräsuli ja Aegna loodeosa võtmist looduskaitse alla. Põhjuseks oli asjaolu, et seal oli pesitsenud haruldasi linnuliike. Ka sooviti maist augustini keelustada munade korjamist ja lindude laskmist erilise vajaduseta ning looduskaitseisiku nõusolekuta saarte külastamist, seal niitmist ja karjatamist. LUS-i Tallinna osakond võtnuks oma peale saarte looduse teadusliku jälgimise, lindude rõngastamise jms.
05.11.1937 pöördus looduskaitseinspektor Gustav Vilbaste merejõudude juhataja poole ettepanekuga kehtestada Lemmiku neemele looduskaitselised piirangud. 11.02.1938 tuli merejõudude juhatajalt vastus, kus teatati, et looduskaitseliste piirangute kehtestamine kinniseks kuulutatud garnisoni maa-alal on mereväele vastuvõetamatu. Pildil Aegna jahiseltsi liikmed 1930-ndatel.
Viiskümmend neli aastat hiljem, 12.03.1991 kinnitas Tallinna Linnavalitsus Aegna maastikukaitseala kaitse-eeskirja mille põhieesmärkideks said Aegna looduse ja kultuuripärandi kaitsmine, tingimuste loomine looduslähedase puhkemajanduse arendamiseks saare koormustaluvuse piires, teadusuuringute organiseerimine ning loodusteadmiste täiendamise võimaldamine.
Läbi aegade on saare elanike üheks oluliseks tegevuseks läbi aegade olnud kalapüük. 17. sajandil ürikutest selgub, et lauritsapäeva (10. august) paiku sõideti üle mere Soome, kus püüti kala kuni pärtlipäevani (24. august). Seejärel sõideti koju ja vahetati kala vilja vastu, mis aitas neil ületalve elada.
19. sajandil asus Karnapil kaluriküla. 19. sajandi viimasel veerandil mõnevõrra kalameeste majanduslik olukord paranes. Sellel oli mitu põhjust. Esiteks oli suureks tehniliseks uuenduseks kilupüügivõrkude kasutuselevõtt. Tallinnas kasutati taolisi võrke juba 1870.aastast ning veenduti nende otstarbekuses õige pea. Teiseks suurendati märgatavalt kalakonservide valmistamist laiemale turule. Kolmandaks mõjutas nõudlust Tallinna elanikkonna kiire kasv, kalaturu osakaal ja käive suurenesid. Aegna kalurid olid eelistatud olukorras turu läheduse tõttu.
Aegnast kagusse ja Kräsulist edelasse, Oolgrunnist aga kirde poole jääb Angerjakari. Arvatavalt on varem Linnalahes ohtralt angerjaid leidunud, et nende järgi on nimetatud koguni kaks kari.
Varasematest ürikutest leiame saare loomade kohta lisa. 1539.aastal asus Aegna saarel rae hobusekasvandus. Aastail 1544-1552 kasvatati saare Järvesoo piirkonnas linnasakstele kokri.
Saare elanikud on ka oma tarbeks loomi pidanud. 1687.aasta märkmetest loeme, et saare taludes peeti hobuseid, lehmi, lambaid ja sigu. 1920.aastate alguses olid saarel 6 talu elumajad ja abihooned loomade pidamiseks. 1926-1927. eelarveaastal ehitati komandatuuri vahenditega sealaut, mis mahutas 12 siga. 1930.aastal valmis saarel hobusetall ja karjahoone, endises Sihitalus eraldati kaks korterit karjasele ja karjatalitajale. Pildil endise ohvitseride kasiino taga (Kalavälja tee 12) asunud lehmakuur.
17. mail 1933. aastal korraldati Aegna saarel metsapäev. Metsa elustamiseks osteti säästusummade arvelt kolm kitsetalle. Kuus aastat hiljem kirjutati ajakirjas “Sõdur” Aegna loodusest ja kitsedest järgmist:
“Aegnasaar on kui iseseisev riigike: keegi välismaalane ei pääse sisse ilma erilise viisumita, mida nimetatakse saarele pääsu loaks. Siin teenib 80 protsenti rahvast kaitseväest. Loomadest on siin näha põldhiiri, siile, metsikuks läinud kodukasse, kaks koera, mõni üksik jänes (kui ta veel metskassidest söödud pole). On veel rähnid ja käod. Peale selle toodi saarele 3 noort metskitse. Küll nad olid armsad ja iga inimene oli uhke, kui sai teisele jutustada, kuidas kits talt leiba vastu võtnud. Eriti armsad olid nad naistele. Kahjuks aga hakkasid kahel kitsel sarved pähe kasvama ja neid võis järelikult lugeda meessukku kuuluvateks. Oli aga üks ainus kitsepreili ja isased muutusid tema pärast üksteisele vaenulisteks”.
Ajakiri jätkab: “Viha tõusis ja kuna üks kitsenoorhärra kõndis kitsepreilikesega, läks teine mujale lõbustusi otsima. Siin peab mainima, et kitsepreili on väga õiglane ja kordamööda kord ühega, kord teisega jalutab. Mahajäetud sokuke saigi inimestele piinajaks. Kui ta midagi paremat ei leidnud, muutus tema ainsamaks lõbuks proovida, kas inimestel ka sarvi on. Meestsoost elanikud said neist varsti jagu ja sokud õppisid neid austama, aga naised jooksid ära ja varjasid endid puu taha. See meeldis sokkudele ja sellest ajast peale nad atakeerivad igat seelikut kandvat inimest. Mitu saare daami on juba kannatada saanud ja isegi voodis lamanud soku pärast, nii mõnigi on koju tulnud kitse poolt lõhutud riietega”. Kuigi kitsed-sokud on saarel tänaseni, ei ole kirjeldatud sokkude agressiivsust siiani täheldatud.
Kitsede arvukus on viimastel aastatel 7-10 juures püsinud. Talviti, paksema ja kõvema lumekooriku tekkel on nad rebastele kergeks saagiks. Rebastele pakuvad saarel seltsi kährikud.
1973.aasta andmetel elasid saarel ulukitest metskitsed, rebased, mõned oravad ja jänesed. Endiste patareide varemed olid rebastele soodsaks pesitsuskohaks ja nende arvukuse suurenemine põhjustas jäneste järk-järgulise kadumise.
Saarel on varemalt ka ilvest nähtud. Nõukogude perioodil valmistas kohalikule metsavahile peavalu kartulivagude vahel maiustavad metssead.
Kuni 1992.aastani Aegnal teenistust pidanud Nõukogude piirivalve kasutas teenistusülesannete täitmiseks teenistuskoera ja hobuseid. Viimati olid hobused saarel 1996.aastal, siis juba vaid suvehooajal külastajate tarvis.
Põdradki on aeg-ajalt saart külastanud. Veel 1980-ndate alguseni tundsid põdrad end saarel üsnagi koduselt. Mõnigi neist ei peljanud toiduhimus isegi maja akendest pead sisse toppida. Suurenenud laevaliiklus Naissaare ja Aegna vahel, täisehitatud Viimsi poolsaar ning Aegna suur metsasus on metssigade ja põtrade liikumist võrreldes varasemaga oluliselt piiranud.
Kui veel 1998.aasta “Aegna” trükises kinnitas Heino Gustavson, et saarel ei ole rästikuid ega nastikuid, siis 2003.aastast on nastikuid siin siiski korduvalt nähtud.
Merikotkas on Eesti punasesse raamatusse kantud liik. Ka Aegna maastikukaitsealal on merikotkad 90-ndate lõpust paiksed. Sestap on inimeste viibimine Kurikneeme sihtkaitsevööndis 15. veebruarist 31. juulini keelatud.
Aeg-ajalt on nii mõnigi kobras üritanud saarel kanda kinnitada, sagedamini niisketel aastaaegadel Järvsoo, Üljevasoo ja Raiesmikusoo piirkonnas. Viimati külastas kobras pesaehitusplaanidega 2008.aasta kevadel kai mandripoolset osa, kus palkkonstruktsiooni avaused pesa tegemiseks sobilikuks pidas. Ent laevaliiklusest põhjustatud äkklained sundisid teda sealt õige pea lahkuma. Kuni kai põhjalike remonttöödeni 2006.aastal oli see mingi koduks, nüüd võib sadama piirkonnas aga saarmaid trehvata.
Kuni 2004.aastani võis saare lõunapiirkonnas kohata veel üksikuid mustoravaid. Ent kulliliste rohkuse tõttu neid enam ei ole. Küll aga võib veel paaris-kolmes piirkonnas suveti nahkhiiri lendamas näha.
Levinud on luik, merisk, punajalg tilder, liivatüll, tiirud, jääkoskel, lagle, aul, hiireviu, haigur (fotol), rähn, meigas, pasknäär, kägu, pääsukene jt. Esineb mets-karihiirt, niidu-uruhiirt, rohukonna, arusisalikku ning selgrootutest sipelga- ja mardikaliike. Saarele tulles tasuks arvestada puugi- ja niisketel perioodidel ka sääskede rohkusega.
Kui kalavõrke rüüstavad hülged on Tallinna lahes tavaline nähtus, siis 20.09.2008.aastal salvestas Aegna ja Viimsi vahel kohalik kalur mobiiltelefoniga delfiinilaadset looma. Looma nägid peale seda ligi nädala jooksul paljud teisedki. Riikliku Looduskaitsekeskuse spetsialistid tegid kindlaks, et tegu oli valgekoon-delfiiniga, kelle meile lähim leviala on Põhjameres. Sellist liiki ei ole varem meie laiuskraadidel kohatud.