Aegna asub 14 km Tallinnast, Tallinna lahe kirdeosas, Viimsi poolsaarest loodes. Saare pindala on 3 km2 ja rannajoone pikkus 10 km.
85% ulatuses metsaga kaetud Aegna on maastikukaitseala, kus kehtib kaitse-eeskiri, mille eesmärgiks on kaitsta siinset metsa- ja rannikukooslusi, samuti haruldasi ja kaitsealuseid liike ning nende elupaiku.
Saarel asuvad endised kaitserajatised, Eesti suurim tiheasetusega kivikülv, vana kalmistu, maagiline kivilabürint, erinevad matkarajad ja kaks telkimis-lõkkekohtadega supelranda.
Aegna on Tallinna kesklinnaosa haldusala, kus elab aastaringselt kaks ja suveti kümmekond inimest.